SnpEff: Variant analysis

Contents
Summary
Variant rate by chromosome
Variants by type
Number of variants by impact
Number of variants by functional class
Number of variants by effect
Quality histogram
InDel length histogram
Base variant table
Transition vs transversions (ts/tv)
Allele frequency
Allele Count
Codon change table
Amino acid change table
Chromosome variants plots
Details by gene

Summary

Genome nCoV-2019.reference
Date 2024-04-26 12:30
SnpEff version
SnpEff 5.0e (build 2021-03-09 06:01), by Pablo Cingolani
Command line arguments
SnpEff  nCoV-2019.reference SAMPLE3_SE.vcf.gz -csvStats SAMPLE3_SE.snpeff.csv 
Warnings 87
Errors 0
Number of lines (input file) 97
Number of variants (before filter) 97
Number of not variants
(i.e. reference equals alternative)
0
Number of variants processed
(i.e. after filter and non-variants)
97
Number of known variants
(i.e. non-empty ID)
0 ( 0% )
Number of multi-allelic VCF entries
(i.e. more than two alleles)
0
Number of effects 453
Genome total length 29,903
Genome effective length 29,903
Variant rate 1 variant every 308 bases


Variants rate details

Chromosome Length Variants Variants rate
MN908947.3 29,903 97 308
Total 29,903 97 308


Number variants by type

Type Total
SNP 54
MNP 43
INS 0
DEL 0
MIXED 0
INV 0
DUP 0
BND 0
INTERVAL 0
Total 97


Number of effects by impact

Type (alphabetical order)   Count Percent
HIGH   8 1.766%
LOW   13 2.87%
MODERATE   75 16.556%
MODIFIER   357 78.808%


Number of effects by functional class

Type (alphabetical order)   Count Percent
MISSENSE   37 69.811%
NONSENSE   3 5.66%
SILENT   13 24.528%

Missense / Silent ratio: 2.8462


Number of effects by type and region

Type Region
Type (alphabetical order)   Count Percent
downstream_gene_variant   97 21.413%
intergenic_region   1 0.221%
missense_variant   75 16.556%
stop_gained   5 1.104%
stop_lost   3 0.662%
synonymous_variant   13 2.87%
upstream_gene_variant   259 57.174%

Type (alphabetical order)   Count Percent
DOWNSTREAM   97 21.413%
EXON   96 21.192%
INTERGENIC   1 0.221%
UPSTREAM   259 57.174%


Quality:

	

Insertions and deletions length:

	

Base changes (SNPs)

  A C G T
A 0 1 3 7
C 1 0 0 7
G 6 2 0 10
T 8 8 1 0


Ts/Tv (transitions / transversions)

Note: Only SNPs are used for this statistic.
Note: This Ts/Tv ratio is a 'raw' ratio (ratio of observed events).

Transitions 24
Transversions 30
Ts/Tv ratio 0.8

All variants:

Sample ,SAMPLE3_SE,Total
Transitions ,24,24
Transversions ,30,30
Ts/Tv ,0.800,0.800

Only known variants (i.e. the ones having a non-empty ID field):

No results available (empty input?)


Allele frequency


Min50
Max50
Mean50
Median50
Standard deviation0
Values50
Count97


Allele Count


Min1
Max1
Mean1
Median1
Standard deviation0
Values1
Count97


Hom/Het per sample




Sample_names , SAMPLE3_SE
Reference , 0
Het , 97
Hom , 0
Missing , 0


Codon changes

How to read this table:
- Rows are reference codons and columns are changed codons. E.g. Row 'AAA' column 'TAA' indicates how many 'AAA' codons have been replaced by 'TAA' codons.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  AAA AAC AAG AAT ACA ACG ACT AGA AGC AGG AGT ATA ATC ATG ATT CAA CAC CAG CAT CCA CCC CCT CGG CGT CTA CTG CTT GAA GAC GAG GAT GCA GCG GCT GGA GGC GGG GGT GTA GTC GTG GTT TAA TAC TAG TAT TCA TCG TCT TGA TGC TGG TGT TTA TTC TTG TTT
AAA                                                                                                                  
AAC                                                                                                                  
AAG                           1                                                                                      
AAT                                                                         1                                        
ACA                                                                                                               1  
ACG                                                                                                                  
ACT                             1                                                       1                            
AGA 1                                                                                                 1              
AGC                                                                                                             1    
AGG                                                                                                                  
AGT                                                     1                                                            
ATA                             1                                                                                    
ATC                                                                                                                  
ATG                         1   1                     1             1                                                
ATT                       1                                                                   1                      
CAA                                           1                                                                      
CAC                                                   1                                                              
CAG                               1                                             1                                    
CAT                                                                                                                 1
CCA       1                                                                                                          
CCC                                                                                                                  
CCT             1                         1 1                                                                       1
CGG                                                                                                                  
CGT                                           1                                                                      
CTA   1                           1                   1                                                       1      
CTG                                                 1                                                                
CTT                                     1     1                                       1             1                
GAA                                                                             1     1 1                            
GAC                                                             1                         1                 1        
GAG                                                                                                           1   1  
GAT                                                                           1                                      
GCA                                                                 1           1       1                            
GCG                                                                             1                                    
GCT                                                                                                 1               1
GGA                                                                             1                                    
GGC                                                     1                                                       1    
GGG                                                                           1                                      
GGT                     2                                       1                                                    
GTA                       1                                                           1                              
GTC                                             1                                                                    
GTG           1       1                                                         1                                 1  
GTT                                                             1               1 2                 1       2       1
TAA                                                                                           1               1      
TAC                                                                 1                           1                    
TAG                                                                                                       1          
TAT             1                                                                                                    
TCA         2                   1                   1                                                                
TCG                                                                                                                  
TCT                                                                                                                 1
TGA                                                                                                                  
TGC                                                                                                                  
TGG                                                                                                               1 1
TGT                                     1                                         1                   1 1            
TTA                                                 1                                           1                    
TTC                                                                                                                 1
TTG                                                   1                             1             1             1   3
TTT   1   1                     1     1                                                       1                      


Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*                     1                 1 1
A 1 1       1                     1   2    
C 1   1         1                     1    
D     1 1     1                           1
E 1                   2               2    
F           1     1       2   1           1
G       1   1 1       1           2   1    
H           1         1                    
I                 2                       1
K                       1                  
L           4   1     5   1 1 1   3   2    
M   1             2   1                    
N             1                            
P           1             1 2       1      
Q                           1 1       1    
R 1                 1       1              
S           2     1   2             2      
T 1               1   1                    
V     2 1   1     1   1         2 1 1 5    
W           1         1                    
Y   1                             1 1      


Variants by chromosome

		
MN908947.3, Position,0,100,200,300,400,500,600,700,800,900,1000,1100,1200,1300,1400,1500,1600,1700,1800,1900,2000,2100,2200,2300,2400,2500,2600,2700,2800,2900,3000,3100,3200,3300,3400,3500,3600,3700,3800,3900,4000,4100,4200,4300,4400,4500,4600,4700,4800,4900,5000,5100,5200,5300,5400,5500,5600,5700,5800,5900,6000,6100,6200,6300,6400,6500,6600,6700,6800,6900,7000,7100,7200,7300,7400,7500,7600,7700,7800,7900,8000,8100,8200,8300,8400,8500,8600,8700,8800,8900,9000,9100,9200,9300,9400,9500,9600,9700,9800,9900,10000,10100,10200,10300,10400,10500,10600,10700,10800,10900,11000,11100,11200,11300,11400,11500,11600,11700,11800,11900,12000,12100,12200,12300,12400,12500,12600,12700,12800,12900,13000,13100,13200,13300,13400,13500,13600,13700,13800,13900,14000,14100,14200,14300,14400,14500,14600,14700,14800,14900,15000,15100,15200,15300,15400,15500,15600,15700,15800,15900,16000,16100,16200,16300,16400,16500,16600,16700,16800,16900,17000,17100,17200,17300,17400,17500,17600,17700,17800,17900,18000,18100,18200,18300,18400,18500,18600,18700,18800,18900,19000,19100,19200,19300,19400,19500,19600,19700,19800,19900,20000,20100,20200,20300,20400,20500,20600,20700,20800,20900,21000,21100,21200,21300,21400,21500,21600,21700,21800,21900,22000,22100,22200,22300,22400,22500,22600,22700,22800,22900,23000,23100,23200,23300,23400,23500,23600,23700,23800,23900,24000,24100,24200,24300,24400,24500,24600,24700,24800,24900,25000,25100,25200,25300,25400,25500,25600,25700,25800,25900,26000,26100,26200,26300,26400,26500,26600,26700,26800,26900,27000,27100,27200,27300,27400,27500,27600,27700,27800,27900,28000,28100,28200,28300,28400,28500,28600,28700,28800,28900,29000,29100,29200,29300,29400,29500,29600,29700,29800,29900 MN908947.3,Count,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,6,0,0,0,0,0,9,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,9,0,0,0,0,0,0,3,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,8,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,9,0,4,0,0,0,0,0,0,0,0,0,6,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,6,0,0,3,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,13,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,8,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0

Details by gene

Here you can find a tab-separated table.